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Das Archäologische Institut der Universität zu Köln ist mit ca. 50 Mitarbeitern und Lehrbeauftragten sowie rund 500 Studierenden eines der größten in Deutschland. Es umfasst drei eng zusammen arbeitende Abteilungen:

Diese haben jeweils eigene Arbeitsbereiche und Methoden, arbeiten jedoch in Lehre und Forschung eng zusammen und ergänzen sich somit in vielfältiger Weise. Dabei untersucht die Klassische Archäologie die antiken Kulturen des Mittelmeerraums, insbesondere der Griechen, Römer und benachbarter Kulturen, während sich die Archäologie der römischen Provinzen mit der materiellen Hinterlassenschaft Roms v. a. im Nordwesten des Imperium Romanum beschäftigt. Die Archäoinformatik widmet sich den computergestützten Methoden der Archäologie.

Das Archäologische Institut der Universität zu Köln bietet in der wissenschaftlichen Lehre Veranstaltungen aus allen Epochen und Kulturräumen der beteiligten Fächer und deckt so zeitlich den gesamten Zeitraum von der ägäischen Bronzezeit bis zur Spätantike ab. Räumliche Schwerpunkte bilden die Kulturen des Mittelmeerraums und die ehemaligen Gebiete des Imperium Romanums. Dabei liegt ein besonderer Akzent auf der Methodenvielfalt und berufspraktischen Übungen. Hierzu unterhält das Institut auch eigene Lehrgrabungen.

Das Archäologische Institut unternimmt vielfältige Forschungsprojekte im In- und Ausland. Besondere methodische Schwerpunkte bilden in Forschung und Lehre die Bereiche ArchäoInformatik und geophysikalische Prospektionsmethoden. Seit über 50 Jahren bildet das am Archäologischen Institut angesiedelte Forschungsarchiv für antike Plastik eine der führenden Einrichtung in der Skulpturforschung. Das Archäologische Institut ist auch federführend am Graduiertenkolleg 1878 'Archäologie vormoderner Wirtschaftsräume' beteiligt.

Das Kölner Institut ist innerhalb der Universität in verschiedenen interdisziplinären Strukturen vernetzt, darunter dem Zentrum für Antike Kulturen des Mittelmeerraums (ZAKMIRA), dem Cologne Center for eHumanities (CCeH) und den Kompetenzverbünden für Archäoinformatik und geophysikalische Prospektionen. Auf regionaler Ebene hat es sich zusammen mit anderen archäologischen Einrichtungen im Verbund archäologischer Institutionen Köln-Bonn (VarI) zusammengeschlossen. Ferner unterhält das Institut zahlreiche Kooperationen im In- und Ausland.

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